گونه های تریکودرما را می توان با کمک خصوصیات میکروسکوپی تشخیص داد ولی این کار مشکل است بنابراین بیشتر محققان با توجه به شناسایی گونه های این قارچ به دلیل سطح بالاتر شباهت های ساختاری، با مشکل روبرو هستند. بنابراین اطلاعات حاصل از مطالعه مورفولوژیکی به تنهایی برای شناسایی دقیق گونه های تریکودرما کافی نیست زیرا گونه های Trichodermaدارای ویژگی های مورفولوژیکی نسبتاً کمی هستند و تنوع محدودی دارند که ممکن است باعث همپوشانی جدایه ها شود. علاوه بر این خصوصیات مورفولوژیکی تحت تأثیر شرایط کشت است. ازاین رو برای جبران محدودیتهای توصیف مورفولوژیکی استفاده از تکنیک مولکولی ضروری است. برای شناسایی، تعیین توالی DNA از منطقه ۵٫۸S-ITS با استفاده از آغازگرهای خاص ITS1 و ITS4 انجام می شود. منطقه ITS یکی از مکانهای قابل اعتماد برای شناسایی جنس قارچ تریکودرما در سطح گونه است. با مقایسه توالی های منطقه ۵٫۸S-ITS با توالی های نهشته شده در GenBank، همه ایزوله های تریکودرما به جز MNF-MSH-Trich23 را می توان در در بین گونه ها با درصد همسانی حداقل ۹۹٪ شناسایی کرد. با این حال پایگاه داده GenBank حاوی توالی های زیادی از Trichoderma است.
ابزار جستجوی TrichOKEY
ابزار جستجوی TrichOKEY برنامه ای است که به طور مشخص توالی ITS1 و ITS2 را با یک پایگاه داده خاص برای تریکودرما تولید شده از توالی های کوپه تولید شده، برای ارزیابی قابلیت اطمینان نتایج BLAST مورد استفاده قرار می گیرد. TrichOKEY توسط بسیاری از محققان مورد استفاده قرار گرفت و منجر به شناسایی موفقیت آمیز ایزوله های تریکودرما شده است. در یک مطالعه روی مقایسه شناسایی مورفولوژیکی و مولکولی مشخص شد که شناسایی مورفولوژیکی با شناسایی مولکولی تنها در یک ایزوله MNF-MSH-Trich1 یکسان بودند. بنابراین نتیجه گیری می شود که خصوصیات مورفولوژیکی برای شناسایی جدایه ها قابل اعتماد نیست و بارکد الیگونوکلئوتیدی ابزاری قدرتمند برای شناسایی گونه های تریکودرما است و باید به عنوان یک جایگزین یا به عنوان مکمل روش های مورفولوژیکی مفید باشد. بنابراین، به داده های مولکولی توالی ITS در توصیف و شناسایی جدا شده های مورد مطالعه بیشتر اعتماد می شود.
گونه های رایج تریکودرما
گونه تریکودرما T. longibrachiatum یک قارچ خاکی است که در سراسر جهان یافت می شود اما عمدتاً در آب و هوای گرم رشد می کند. گونه T. harzianum رایج ترین گونه گزارش شده در این جنس است که در اکوسیستم های متنوع و سوله های زیست محیطی مشاهده می شود. این درجه کم از تنوع ممکن است به دلیل عوامل بیوتیک خاص یا غیر زنده کننده مانند گونه های گیاهی، رقابت میکروبی، خصوصیات فیزیکی و شیمیایی خاک و استفاده از سموم دفع آفات یا کودهای موجود در منطقه جغرافیایی اتفاق بیفتد.