کنترل بیولوژیک بیماریهای گیاهی یعنی شرایط و یا اقداماتی که در اثر آن ها زندگی و فعالیت یک موجود زنده بیماریزا توسط موجود زنده دیگری مختل شود (به غیر از انسان). تعریف دیگر آن کاهش جمعیت و تراکم و یا فعالیت بیماریزایی یک پاتوژن در یک یا تمام مراحل زندگی اش توسط میکروارگانیسم آنتاگونیست هایی که بصورت طبیعی و یا دستکاری شده. در کل هر موجود در طبیعت دارای دشمنان و رقیبانی است. در کنترل بیولوژیک از دشمنان و رقیبان عوامل بیماریزای گیاهی برای کنترل و کاهش جمعیت آن ها استفاده می شود. در محیط زیست هر موجودی دشمنان و رقیبان او نیز حضور دارند به همین دلیل جمعیت آن کنترل می شود اما در بسیاری از شرایط، محیط برای زندگی بیمارگر مناسب تر بوده بنابراین جمعیت آن بیش از حد افزایش یافته و موجب زیاد شدن بیماری می شود. این شرایط می تواند شامل کاشتن یک گونه گیاهی یکسان در یک منطقه وسیع است. این شرایط باعث دستکاری تنوع گونه ای شده و بیمارگرانی که میزبانشان این گوگنه گیاه می باشد به سرعت به جمعیت بالایی می رسند. برای برگرداندن شرایط به روال قبل باید دشمنان و رقیبان طبیعی آن ها نیز بالا رفته تا کنترل شوند.
زمانی که مطالعه روی عوامل کنترل بیولوژیک پاتوژن های گیاهی شروع شد بیش تر تمرکز روی عوامل بیولوژیک خاک بود. از خصوصیات خاک این است که نسبتا دارای شرایط با ثبات تر بوده و عواملی مانند دمای هوا کم تر می تواند روی آن تاثیر گذارد. اما قسمت های بالایی گیاه (اندام های هوایی) در معرض نور، دما، باد، باران، حرارت و غیره هستند و این شرایط می تواند روی عامل بیوکنترل تاثیرات زیادی گذارد. هم چنین آنتاگونیست ها در محیط رایزوسفر رایج تر هستند. در طبعیت بسیاری از پاتوژن ها توسط آنتاگونیست هایی که در فیلوسفر (محیط اطراف اندام های هوایی گیاه) و رایزوسفر (محیط اطراف ریشه گیاه) هستند کنترل می شوند.
چندین عنصر در کنترل بیولوژیکی نقش دارند:
۱- میکروارگانیسم های غیر بیماری زا و جمعیت آن ها (avirulent) و یا hypovirulent (با قدرت بیماریزایی کم) در بین میکروارگانیسم های بیماری زا.
۲- میزبان گیاهی که اصلاح ژنتیکی شده باشد (میزبان مقاوم) و یا این اصلاح توسط عملیات زراعی انجام شده باشد.
۳- آنتاگونیست هایی (رقیب ها، شکارچی و پارازیتیسم، آنتی بیوزها) که روی جمعیت و رشد بیمارگر ها تاثیر گذاشته و با آن ها رقابت می کنند. با توجه به این بند، اصلاح ژنتیکی یک بیوکنترل محسوب می شود.
امروزه به نقش مهم کنترل بیولوژیک در حفظ سلامت انسان کاملا شناخته شده است و در بسیاری از نقاط دیگر از سموم شیمیایی برای کنترل بیماری های گیاهی استفاده نمی شود. از سوی دیگر این کنترلل دوام بیش تری داشته و می تواند مدت زیادی جمعیت بیمارگر را در حد معمول و غیر خسارت زا نگه دارد. میوه هایی که به منظور جلوگیری از گندیدگی و پوسیدگی با مواد شیمیایی تیمار می شوند می توانند برای سلامت انسان بسیار مضر باشند اما امروزه همین عوامل بیمارگر میوه نیز با عوامل بیوکنترل کاهش یافته اند. بسیاری از بیمارگرهای خاکزی وجود دارند که به کنترل های شیمیایی و اصلاح ژنتیکی میزبان پاسخ نداده و نمی توان با این روش ها آن ها را کنترل کرد. استفاده از روش های کنترل بیولوژیک می تواند برای این دسته نیز بسیار موثر باشد. روش های بیوکنترل امروزه به جایی از پیشرفت رسیده اند که این عوامل به راحتی و به سرعت در سوبستراهایی تکثیر شده و بصورت پودر، گرانول و یا مایع استفاده می شوند. عوامل کنترل بیولوژیک علاوه بر کنترل بیمارگرها، جمعیت ریزوباکتری ها را نیز افزایش داده و سیستم های مختلف مقاومت در گیاه را تحریک می کنند. از مواد بیولوژیک می تواند بصورت تنها و یا همراه با مواد شیمیایی در کنترل بیماری های گیاهی استفاده کرد.